Sự khởi đầu của hành tinh khỉ là câu chuyện tiếp nối của bộ phim Rise Of the Planet of the Apes. Sau phần một, loài người bị một loại virus bí ẩn đẩy đến bờ vực tuyệt chủng. Trong khi loài vượn thông minh được di truyền bởi Caesar đã vươn lên thống trị thế giới và tự tạo một quốc gia của riêng mình. Tuy nhiên, quốc gia này có nguy cơ bị đe dọa bởi một nhóm người còn sống sót sau tai họa diệt vong. Cả hai phía quyết định lao vào cuộc chiến nhằm khẳng định ai mới là giống loài xứng đáng làm chủ Trái đất.