Tiếp nối cái kết của phần 1, phần 2 sẽ xoay quanh nữ chính Lyra khi cô du hành sang vũ trụ song song và gặp cậu bé Will - một người cũng mang vận mệnh bí ẩn như cô. Cả hai sẽ phải đối mặt với những thế lực kì bí trong thế giới mới như ma hút hồn, thiên thần... trong khi tổ chức tôn giáo Huấn Quyền - do phu nhân Coulter quỷ quyệt, mẹ đẻ của Lyra chỉ huy - ra sức lùng bắt chúng.