Neo, niềm hy vọng lớn nhất của nhân loại, nhận thấy rằng mình bị mắc kẹt giữa Ma Trận và thế giới thực. Trong khi cư dân thành phố Zion chuẩn bị cho cuộc chiến bảo vệ thành phố khỏi làn sóng tấn công của các cỗ máy, thì đặc vụ Smith lại đang có một toan tính có thể tiêu diệt cả hai phe máy móc lẫn con người.