Cốt truyện mở đầu bằng việc các bảo vệ vùng biển Nhật Bản đang điều tra một chiếc du thuyền không người ở vịnh Tokyo. Sau đó, đường hầm tuyến Aqua bất ngờ bị sụp. Phó Tổng thư ký Nội các chính phủ - Rando Yaguchi cho rằng chuyện này do một sinh vật sống dưới biển gây nên trong khi các thành viên khác của Chính phủ nhận định do núi lửa phun trào.

Giả thuyết quái vật được xác thực sau khi chiếc đuôi khổng lồ của một sinh vật không xác định nhô lên giữa biển. Những nhà khoa học hàng đầu Nhật Bản được triệu tập để xác minh loài sinh vật ấy là gì. Sau cùng, Godzilla lộ diện với kích thước vô cùng to lớn. Nó đang trong quá trình hoàn thiện cơ thể. Nhật Bản bước vào cuộc chiến một sống một còn với loài quái vật khổng lồ.